菌種發酵沒有一定不產生沉淀的方法，因為是活菌，有代謝就會產生沉淀，而且，沉淀主要是菌群代謝產生的活性酶，是有益物質，不需要人為控制，如果有特殊需求，需要控制沉淀產生的話，可以從這幾個方面嘗試（可人為控制的就是相對減少沉淀的產生，并非沒有沉淀）：

1、降低菌株活性

可以通過控制發酵溫度，實現菌株活性控制，菌株一般要15-40℃的生長環境，越接近15℃，活性相對越弱，培養時候，可以適當控制溫度，但不要低于15℃。

2、選擇優質培養基

選擇優質的培養基，減少雜質，避免生成不溶性化合物沉淀，通常優質培養基可以選擇蛋白胨、葡萄糖和氨基酸等。

3、限制營養供應

限制培養基營養供應，控制菌群數量，一定程度上可減少代謝物生成。

4、使用純凈水發酵

使用純水減少鈣、鎂等元素，也可控制易沉淀化合物的產生，如：磷酸鈣、磷酸鎂等。