發酵床墊料是發酵床消化分解糞便的主要因素，因此發酵床墊料的厚度決定了糞便分解和除臭的效果，一般雞、鴨、鵝、狗等小型動物可以按30cm左右鋪設墊料；豬、牛、羊等大型動物可以按60cm左右鋪設墊料、如果是冬季氣溫較低時，可以適當再加厚10-20cm。另外，家庭陽臺等小規模籠養寵物，如：蘆丁雞、寵物貓狗等，因室內溫度較高，可以鋪設10-20cm墊料也可。